У вас была установлена сборка и выбран пункт Использовать настройки в папке пользователя, т.е. настройки хранятся в С:\Users\"пользователь"\AppData\Roaming\foobar2000\configuration, либо был выбран пункт Использовать настройки в папке приложения, т.е. настройки хранятся в той папке где установлен сам фубар и вы хотите использовать существующие настройки и для новой сборки, то необходимо выбрать соответствующих пункт, помните что существует опция Перенос настроек, с помощью которой можно переносить настройки из одной папки в другую, если вы решили поменять режим работы, далее вы выбираете ту же папку где был установлен фубар (если вы хотите обновить сборку, а не использовать их отдельно, помните, для того чтобы использовать сборки отдельно, настройки должны быть у всех свои и находиться они должны в папке с фубаром - опция Использовать настройки в папке приложения), далее будет предложен выбор параметров для удаления, выбераете те настройки какие хотите оставить от старой сборки и использовать в новой. Далее будет представлен выбор настроек и темы по умолчанию, если вы хотите использовать настройки от старой сборки выберите Использовать существующие настройки.