Выбирать программы для дефрагментации в Linux, практически не с чего, а говорить о графическом интерфейсе вообще не приходится. Наиболее известная утилита, это «e4defrag», которая в собственном исполнении пока еще не существует, но входит в пакет системных утилит для: ext2; ext3; ext4 под общим названием «e2fsprogs». По умолчанию, в Ubuntu 16.04 этот пакет уже установлен, поэтому сразу к делу.